第3回レポートについて（提出日: 7/10）

課題 1

ファイルから DNA 配列を読み込み，開始コドンと終止コドンに挟まれた遺伝子候補領域（ORF）を見つけて出力するプログラムを作成する．具体的には，次の手順に従ってプログラムを作成する：

  • ファイルから DNA 配列を読み込み，読み込んだ DNA 配列を文字配列に格納する．DNA 配列はここからダウンロードし，プログラムのソースファイルと同じフォルダに配置する．この配列は出芽酵母六番染色体の一部で，塩基数は 1,140 塩基である．このファイルをプログラム中でオープンして，中身の DNA 配列を読み込む．読み込んだDNA配列は，次の文字配列をグローバル変数として宣言して，そこに格納する： 
    #define MAXLENGTH 2000
char genome[MAXLENGTH];
  • DNA 配列中から開始コドン “ATG” と終止コドン “TGA” を探す．開始コドン“ATG” と終止コドン “TGA” は，この DNA 配列中に複数箇所存在する．また，遺伝子コード領域にはイントロンは存在しないと仮定する．そこで，開始コドンと終止コドンに挟まれた領域でかつ配列の長さが３の倍数（コドンの並び）になっている遺伝子候補領域を見つける．そのような領域が複数ある場合には，すべて出力する．このような領域は ORF（Open Reading Frame）と呼ばれ，アミノ酸配列として翻訳される．
  • 見つかったすべての ORF 候補領域の配列を出力する．出力例を下に示す．

実行例

gene candidate region: from 22 to 60
ATGATCACGGCTGCGTGCCGGGTAATAAATCAATTTTGA
gene candidate region: from 22 to 84
ATGATCACGGCTGCGTGCCGGGTAATAAATCAATTTTGAGGAAAACTGGAAGTTCACCACTGA
gene candidate region: from 22 to 90
ATGATCACGGCTGCGTGCCGGGTAATAAATCAATTTTGAGGAAAACTGGAAGTTCACCACTGAGAATGA
gene candidate region: from 22 to 153
ATGATCACGGCTGCGTGCCGGGTAATAAATCAATTTTGAGGAAAACTGGAAGTTCACCACTGAGAATGATC
AACGGCAGGGAAACGTTATACCAAACAAAGCATTCTACCTCTAGGGAAGCTGGAAACTTGA
gene candidate region: from 22 to 978
ATGATCACGGCTGCGTGCCGGGTAATAAATCAATTTTGAGGAAAACTGGAAGTTCACCACTGAGAATGATC
AACGGCAGGGAAACGTTATACCAAACAAAGCATTCTACCTCTAGGGAAGCTGGAAACTTGAATTACCCACT
ATAGCTTGTCTTTTAGTGATCCATTATTCCAACCTATTGCAATTCCAAGAAAATAAACTAGGAACTTTTTT
TTTTGGAAGAATAAGAAAAGGAGAAAAAGTAGACATACTGTATATACACGAGGGCGTATCGTTCACCAGAA
AGAATATAAACATAACAAGATAAACATGTCAGGCTTGAGAACTGTTTCTGCTTCATCCGGTAATGGAAAGA
GCTATGACTCTATTATGAAAATTTTATTGATTGGTGATTCTGGTGTTGGGAAATCATGTTTATTGGTTCGT
TTTGTTGAAGACAAATTTAACCCGTCATTTATCACCACCATTGGTATTGATTTCAAAATAAAGACTGTCGA
TATCAACGGTAAGAAGGTAAAGCTGCAACTTTGGGATACCGCTGGTCAAGAACGTTTCCGGACAATCACCA
CAGCGTATTATCGTGGTGCTATGGGTATCATTCTTGTATATGATGTGACAGACGAGAGAACATTTACTAAT
ATCAAGCAATGGTTTAAAACCGTTAATGAGCATGCGAACGATGAAGCACAGCTACTGTTGGTTGGTAACAA
GAGCGATATGGAGACGAGAGTGGTAACAGCTGATCAAGGTGAAGCCTTGGCTAAGGAGCTGGGTATACCAT
TCATCGAGTCCAGTGCTAAGAACGATGACAATGTCAACGAGATTTTTTTCACCTTGGCGAAGTTAATCCAA
GAAAAAATCGACAGTAACAAGCTTGTTGGCGTCGGTAACGGTAAAGAGGGCAATATTAGCATCAATAGTGG
GAGCGGAAACAGTTCTAAATCAAATTGCTGTTGA

課題2（発展課題）

関数を用いてプログラムを書き換える．例えば，

  • ファイルから DNA 配列を読み込み，読み込んだ DNA 配列を文字配列に格納して，読み込んだ DNA 配列の長さを返す関数を作成する： 
    int readseq(void)
  • 位置 position1 から位置 position2 までの間の配列を出力する関数を作成する： 
    void outputseq(int position1, int position2)

    この関数を用いて，見つかった ORF 候補領域の配列を出力する．

レポート様式

  1. レポート本体は電子媒体（Wordなど）で作成し、「Canvas LMS」に提出する。
  2. プログラムは、いつもの演習と同じようにreplitに提出する。
  3. プログラムの作成方針を述べる。たとえば、変数の取り方、ポイントとなる計算に使う文、アルゴリズムの検討など。
  4. 考察をする。if 文と switch 文の違い、プログラムの作成過程で間違えた箇所とその理由、プログラム作成上の注意など。
  5. 締め切り: 7月10日（水）10:45

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